第五福竜丸（第五福龍丸、だいごふくりゅうまる）は1954年3月1日、米国の水爆実験によって発生した多量の放射性降下物（いわゆる死の灰）を浴びた遠洋マグロ漁船の船名である。無線長だった久保山愛吉がこの半年後の9月23日に血清肝炎で死亡した。
この展示館には、木造のマグロ漁船「第五福竜丸」およびその付属品や関係資料を展示しています。「第五福竜丸」は、昭和29年（1954年）3月1日に太平洋のマーシャル諸島にあるビキニ環礁でアメリカが行った水爆実験によって被害を受けました。 　木造漁船での近海漁業は現在も行われていますが、当時はこのような木造船で遠くの海まで魚を求めて行ったのです。 　「第五福竜丸」は、昭和22年（1947年）に和歌山県で建造され、初めはカツオ漁船として活躍し、後にマグロ漁船に改造され遠洋漁業に出ていました。水爆実験での被爆後は、練習船に改造されて東京水産大学で使われていましたが、昭和42年（1967年）に廃船になったものです。 　東京都は、遠洋漁業に出ていた木造漁船を実物によって知っていただくとともに、原水爆による惨事がふたたび起こらないようにという願いをこめて、この展示館を建設した。

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